בראשית יוני 1941, בחג השבועות, התחולל בבגדאד פוגרום הידוע בכינוי "פרהוד". במהלך ההתפרעויות נרצחו באכזריות למעלה מ־150 יהודים, בהם עוללים, ומאות רבות נפצעו; נשים נאנסו, בתים נבזזו, חנויות ובתי עסק נשדדו ואלפי משפחות נותרו ללא קורת גג.

עליית הלאומיות הערבית, הכרזת בלפור והסלמת הסכסוך בארץ ישראל הביאו להרעה משמעותית בתנאי חייהם של היהודים שחיו בקרב חברות מוסלמיות. האיום על ביטחונם ועל רווחתם הגיע לשיאו בעקבות החלטת החלוקה מ־29 בנובמבר 1947. בדיון שהתקיים בוועדה המדינית של העצרת הכללית של האו"ם חמישה ימים לפני ההחלטה הסביר נציג מצרים, מוחמד חוסיין הייכל, כיצד תשפיע תכנית החלוקה על עתידם של היהודים בעולם הערבי:
ארגון האומות המאוחדות חייב שלא להתעלם מכך שהפתרון המוצע עלול לסכן מיליון יהודים החיים בארצות המוסלמיות. חלוקת פלשתינה עלולה ליצור בקרב הארצות הללו אנטישמיות, שתהיה קשה לריפוי יותר מזו שמנסות לרפא בעלות הברית בגרמניה… אם ארגון האומות המאוחדות יחליט לחלק את פלסטין, הוא עלול לשאת באחריות לאירועים חמורים ביותר ולטבח של מספר רב של יהודים… מהומות תפרוצנה בפלשתינה, תתפשטנה בכל רחבי מדינות ערב ותובלנה למלחמה בין שני הגזעים.18
האיום התממש עד מהרה: בעידודם של השלטונות הציף נחשול אנטי־יהודי את המדינות הערביות. האלימות לא הייתה בגדר הפתעה גמורה. האווירה העוינת כלפי היהודים בעיראק, לדוגמה, כבר תבעה מחיר דמים נורא בשנים קודמות. בראשית יוני 1941, בחג השבועות, התחולל בבגדאד פוגרום הידוע בכינוי "פרהוד". במהלך ההתפרעויות נרצחו באכזריות למעלה מ־150 יהודים, בהם עוללים, ומאות רבות נפצעו; נשים נאנסו, בתים נבזזו, חנויות ובתי עסק נשדדו ואלפי משפחות נותרו ללא קורת גג.19
ב־15 במאי 1948, מיד לאחר הכרזת העצמאות של ישראל, יצאה עיראק למלחמה נגד המדינה היהודית.
 
 
 
המשטר הצבאי שהוכרז בעיראק החל לרדוף בשיטתיות את האזרחים היהודים. מאות מהם פוטרו מן השירות הציבורי ועל הסוחרים הוטלו הגבלות דרקוניות, שהחמירו את מצבה הכלכלי של הקהילה. מן היהודים נמנעו שירותי בריאות ותברואה בסיסיים ונדרש מהם "לתרום" כסף לטובת המאבק הצבאי נגד המדינה היהודית שזה עתה קמה.20
 
 
 
 
 חמור מכל, במהלך השנתיים הבאות נעצרו מאות מהם בתואנות שונות ומשונות והובאו בפני בתי דין צבאיים, שגזרו עליהם עונשי מאסר וקנסות כבדים. האסירים הושלכו לכלא אבו גריב שמדרום לבגדאד ועברו שם עינויים קשים.21
 
 
 
אחד מעשירי היהודים בעיראק, שפיק עדס, הואשם על ידי השלטונות בחתרנות, אף שהיה רחוק מתמיכה בציונות. לאחר משפט ראווה, ועל אף לחצים בינלאומיים לבטל את רוע הגזירה, נתלה עדס בספטמבר 1948 מול ביתו בעיר בצרה. הפרשה הותירה ביהודי עיראק צלקת עמוקה; בעקבותיה הבינו רבים שעליהם למצוא את עתידם במקום אחר, והחלו לחפש מוצא מן המדינה.