האם נעלמה מעיניו של צ'ה המציאות הקודרת שמאחורי מצג השווא של "גן העדן הסוציאליסטי"? האם הוכה בסנוורים וטחו עיניו מלראות את המיליונים שנרדפו, שהושמו בהסגר, שעונו והורעבו במחנות ובבתי כלא בכל רחבי "יבשת הפלאות"? התשובה, מצער לומר, שלילית.
הביוגרפיה של המהפכן הארגנטינאי מלמדת כי גווארה עצמו לא בחל באמצעים גסים של דיכוי פוליטי; למעשה, הוא חש בנוח בתפקיד הקלגס. תפקיד זה נזדמן לו זמן קצר לאחר נפילת משטר בטיסטה. כמנהג מהפכנים מימים ימימה, ההנהגה החדשה בראשות קסטרו לא בזבזה זמן יקר והחלה מיד בטיהורים. גווארה הופקד על כלא לה קבאנה האימתני,
מצודת אבן שנבנתה בידי הספרדים במאה השמונה־עשרה כדי להגן על הוואנה מפני פיראטים אנגלים. במשך חמישה חודשים, מינואר ועד יוני 1959, ניצח צ'ה על סדרה ארוכה של משפטים מהירים והוצאות להורג, שפטרו את קובה משיירי "הסדר הישן". האב חוויאר ארזואגה, כומר באסקי שהעניק סעד רוחני לנידונים, נזכר במה שהתרחש בלה קבאנה באותם חודשים: כשמונה מאות אסירים הצטופפו בחלל שהתאים לשלוש מאות בני אדם לכל היותר: [היו ביניהם] אנשי כוחות הביטחון של משטר בטיסטה, כמה עיתונאים, אנשי עסקים וסוחרים. הטריבונל המהפכני הורכב מאנשי מיליציות.
צ'ה גווארה עמד בראש ערכאת הערעורים. הוא מעולם לא שינה גזר דין. נהגתי לבקר את הנידונים למוות באגף שלהם. כיוון שרבים מהם שמרו על שלוות רוחם, פשטה השמועה שאני מהפנט אסירים, ואז הורה צ'ה שאהיה נוכח בהוצאות להורג. אחרי שעזבתי במאי, הם המיתו עוד אנשים רבים, אבל אני, באופן אישי, הייתי עד לחמישים ותשע הוצאות להורג… פעמים רבות התחננתי בפני צ'ה על חיי האסירים. אני זוכר במיוחד את המקרה של אריאל לימה, נער צעיר. צ'ה מיאן להשתכנע, וכך גם פידל, שאותו ביקרתי. הטראומה שחוויתי הייתה כה עזה עד שבסוף מאי 1959 הורו לי לעזוב את קהילת קזה בלאנקה, שבה שכן כלא לה קבאנה ושבה ערכתי מיסות במשך שלוש שנים. נסעתי למקסיקו כדי לקבל טיפול. כשעזבתי אמר לי צ'ה שכל אחד מאתנו ניסה להעביר את האחר לצדו – ללא הצלחה. מילותיו האחרונות היו: "כשנסיר את המסכות, נהיה לאויבים".
הדעות חלוקות באשר למספרם המדויק של האנשים אשר מצאו את מותם בכלא לה קבאנה בתקופה הקצרה שבה עמד גווארה בראשו. בין שמדובר בעשרות ובין שמדובר במאות, ברי שצ'ה ראה בחיסולם כורח בל יגונה. במכתב ששיגר בפברואר 1959 ללואיס פרדס לופז בבואנוס איירס קבע נחרצות: "ההוצאות להורג בירייה אינן רק הכרח עבור העם הקובני, אלא גם מצוותו".23
למרבה הצער, הייתה זו רק תחילתו של מה שהפך לימים למנגנון דיכוי ידוע לשמצה. בסוף שנת 1960 הוקם בגוואנאקביבס שבמערב קובה מחנה עבודה בכפייה, שבו הושמו כל אלה שהתנהגותם והשקפותיהם לא הלמו את החזון החברתי המהפכני של קסטרו ועמיתיו. גווארה, מאדריכלי השיטה, התנדב להסביר ש"אנחנו שולחים לגוואנאקביבס רק את אותם מקרים שיש לנו ספקות לגביהם ואיננו בטוחים שמקומם בכלא… אנשים שביצעו פשעים נגד המוסר המהפכני, במידה כזו או אחרת".24 ברבות הימים ירחיב השלטון הקובני את מערכת הכליאה, הבידוד וההרחקה וישלח למחנות ריכוז המוני "אנשים שביצעו פשעים נגד המוסר המהפכני", ובהם מתנגדי משטר, קתולים, הומוסקסואלים וחולי איידס.
אסירי המחנות הועבדו בפרך במשך שש־עשרה שעות ביום ויותר, עברו "חינוך מחדש" ועונו עד שיצאה נשמתם; קשה להעריך עדיין כמה מהם מצאו שם את מותם.